2008年4月3日,公司前身深圳市水務規劃設計院成立。 2015年6月8日,公司名稱由“深圳市水務規劃設計院”變更爲“深圳市水務規劃設計院有限公司”。 2019年1月16日,公司名稱由“深圳市水務規劃設計院有限公司”更名爲“深圳市水務規劃設計院股份有限公司”。