金陵藥業股份有限公司是經中國人民解放軍總後勤部[1998]後生字第261號文批准,由南京金陵製藥(集團)有限公司、南京軍區福州總醫院企業管理局、南京軍區後勤部蘇州企業管理局、南京軍區後勤部南京企業管理局一分局、南京軍區後勤部徐州企業管理局分別將其所屬的南京金陵製藥廠、福州梅峯製藥廠、浙江天峯製藥廠、南京金威天然飲料公司、合肥利民製藥廠採用發起設立方式成立的股份有限公司。1998年9月8日,公司在南京市工商行政管理局領取企業法人營業執照。 1999年11月18日,金陵藥業股份有限公司於1999年8月27日發行的8,000萬股人民幣普通股在深圳證券交易所上市交易。