南京證券股份有限公司系由南京市證券有限責任公司整體變更設立,南京市證券有限責任公司的前身爲成立於1990年11月23日的南京市證券公司。1999年8月3日更名爲南京市證券有限責任公司。 2012年9月21日,南京證券有限責任公司更名爲南京證券股份有限公司。