路政署署长陈派明回应指，政府是根据合约采取实报实销形式支付工程费用，未来会再作深入调查，若发现工程不必要地使用额外物料，会向港铁追讨。

运房局局长陈帆则称，沙中线专家顾问团报告及独立调查报告均指出沙中线兴建过程存在很多不当情况，包括施工不当、监督松散等四类主要问题，可能涉及刑事部分已转介执法机构跟进，强调政府会严肃处理。而港铁已就事件作出管理结构调整及人员处理，政府未来亦会继续加强监察，并已建议在2022/23年度成立铁路署，更深入跟进铁路项目设计、建造、测试及营运等各阶段的风险。

对於港铁在沙中线项目表现欠佳，政府有否考虑为铁路项目引入竞争，陈帆表示政府对此持开放态度，相信有可独立营运新线的兴建是研究的新契机。

另外，港铁行政总裁金泽培提到，三年前发现沙中线红磡站问题後，涉事工程总监及数名总经理已先後离职，有关员工离任是根据合约处理。