路政署署長陳派明回應指，政府是根據合約採取實報實銷形式支付工程費用，未來會再作深入調查，若發現工程不必要地使用額外物料，會向港鐵追討。

運房局局長陳帆則稱，沙中線專家顧問團報告及獨立調查報告均指出沙中線興建過程存在很多不當情況，包括施工不當、監督鬆散等四類主要問題，可能涉及刑事部分已轉介執法機構跟進，強調政府會嚴肅處理。而港鐵已就事件作出管理結構調整及人員處理，政府未來亦會繼續加強監察，並已建議在2022/23年度成立鐵路署，更深入跟進鐵路項目設計、建造、測試及營運等各階段的風險。

對於港鐵在沙中線項目表現欠佳，政府有否考慮為鐵路項目引入競爭，陳帆表示政府對此持開放態度，相信有可獨立營運新線的興建是研究的新契機。

另外，港鐵行政總裁金澤培提到，三年前發現沙中線紅磡站問題後，涉事工程總監及數名總經理已先後離職，有關員工離任是根據合約處理。