2001年5月31日,公司前身深圳市分质供水有限公司成立,后变更为深圳市深水海纳水务有限公司。 2014年11月7日,公司名称由深圳市深水海纳水务有限公司更名为深圳市深水海纳水务集团有限公司。 2015年7月16日,公司由深圳市深水海纳水务集团有限公司整体变更为深水海纳水务集团股份有限公司。