厦门建发股份有限公司由厦门建发集团有限公司发起,将集团本部与贸易业务相关的进出口业务部门以及全资拥有的厦门建发国际货物运输有限公司(现更名为厦门建发国际货物运输代理有限公司)、厦门建发包装有限公司(现更名为厦门建发纸业有限公司)、厦门建发保税品有限公司(现更名为厦门建宇实业有限公司)和厦门建发报关行有限公司等四家公司的净资产折股投入,经改组于1998年5月以募集方式设立。